生徒達が超能力を開発する特殊なカリキュラムが組まれる『学園都市』。その都市の高校生である上条当麻の部屋に、シスターがいきなり空から降ってきた。自分は“魔術”の世界から逃げてきたという『禁書目録』（インデックス）と名乗る彼女。“科学”（上条当麻）と“魔術”（インデックス）の出会いから物語は始まる…！