クリスマスを間近に控え、嬉々としてクリスマスパーティーの準備を進めるハルヒと、彼女に引きずられるキョン。彼が過ごしていたそんな日常は、ある日突然終わりを告げる。クラスメートと話が合わない。教室の様子が昨日までと明らかに違う。なにより、後ろの席にハルヒがいない。それどころか、その席に座っていたのはキョンを殺そうとして長門に消滅させられた朝倉だった。キョンは他のSOS団員を探しに教室を飛び出したが…。