霊感が強い高校生・黒崎一護は、悪霊退治に来た死神・朽木ルキアと出会う。最初は死神の存在を信じなかった一護だが、人の魂を喰らう悪霊・虚（ホロウ）に襲われたことでルキアを信じざるを得なくなる。家族を悪霊との騒動に巻き込まないために虚に立ち向かう一護だったが、普通の高校生が虚に敵うはずがなく、一護を庇ったルキアは重傷を負ってしまう。絶望的状況の中、ルキアは最後の手段として一護に死神の力を分け与えることを提案し、一護は死神となって虚を退治した。 しかし、ルキアの予想以上に一護が死神の力を吸い取ってしまったため、ルキアは死神としての力をほとんど失ってしまう。そこでルキアは、自身の力が回復するまで、一護に死神代行を務めるよう迫る。一度は断る一護だが、ルキアに家族を救われた恩に報いるため、死神代行を引き受け、さまざまな騒動に巻き込まれていく。